MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methanothermococcus okinawensis IH1 plasmid pMETOK01

Total Repeats: 375

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015632	TTA	2	6	81	86	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120991
2	NC_015632	TCT	2	6	152	157	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336120991
3	NC_015632	T	7	7	245	251	0 %	100 %	0 %	0 %	336120991
4	NC_015632	AT	3	6	260	265	50 %	50 %	0 %	0 %	336120991
5	NC_015632	TTTTTC	2	12	266	277	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	336120991
6	NC_015632	TTC	2	6	287	292	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336120991
7	NC_015632	TAA	2	6	300	305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120991
8	NC_015632	TA	3	6	377	382	50 %	50 %	0 %	0 %	336120991
9	NC_015632	A	6	6	416	421	100 %	0 %	0 %	0 %	336120991
10	NC_015632	TTA	2	6	423	428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120991
11	NC_015632	CTC	2	6	433	438	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	336120991
12	NC_015632	ATT	2	6	458	463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120991
13	NC_015632	TTTA	2	8	464	471	25 %	75 %	0 %	0 %	336120991
14	NC_015632	T	6	6	491	496	0 %	100 %	0 %	0 %	336120991
15	NC_015632	TAA	2	6	506	511	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120991
16	NC_015632	AT	3	6	513	518	50 %	50 %	0 %	0 %	336120991
17	NC_015632	TCT	2	6	519	524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336120991
18	NC_015632	CAT	2	6	586	591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336120991
19	NC_015632	A	7	7	749	755	100 %	0 %	0 %	0 %	336120991
20	NC_015632	TAT	2	6	764	769	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120991
21	NC_015632	T	6	6	769	774	0 %	100 %	0 %	0 %	336120991
22	NC_015632	ATT	2	6	872	877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120991
23	NC_015632	TTA	2	6	885	890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120991
24	NC_015632	CTT	2	6	964	969	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336120991
25	NC_015632	T	6	6	1039	1044	0 %	100 %	0 %	0 %	336120991
26	NC_015632	CTTT	2	8	1095	1102	0 %	75 %	0 %	25 %	336120991
27	NC_015632	A	6	6	1119	1124	100 %	0 %	0 %	0 %	336120991
28	NC_015632	CAC	2	6	1126	1131	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	336120991
29	NC_015632	CGA	2	6	1133	1138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336120991
30	NC_015632	T	6	6	1157	1162	0 %	100 %	0 %	0 %	336120991
31	NC_015632	ATTG	2	8	1201	1208	25 %	50 %	25 %	0 %	336120991
32	NC_015632	CTCC	2	8	1214	1221	0 %	25 %	0 %	75 %	336120991
33	NC_015632	T	6	6	1227	1232	0 %	100 %	0 %	0 %	336120991
34	NC_015632	T	7	7	1238	1244	0 %	100 %	0 %	0 %	336120991
35	NC_015632	CAA	2	6	2704	2709	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	336120992
36	NC_015632	AT	3	6	2710	2715	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
37	NC_015632	TA	3	6	2716	2721	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
38	NC_015632	A	6	6	2721	2726	100 %	0 %	0 %	0 %	336120992
39	NC_015632	TAA	2	6	2777	2782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
40	NC_015632	T	6	6	2816	2821	0 %	100 %	0 %	0 %	336120992
41	NC_015632	A	6	6	2836	2841	100 %	0 %	0 %	0 %	336120992
42	NC_015632	AAT	2	6	2873	2878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
43	NC_015632	ATC	2	6	2908	2913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336120992
44	NC_015632	AATT	2	8	2947	2954	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
45	NC_015632	ATA	2	6	3051	3056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
46	NC_015632	ATT	2	6	3079	3084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120992
47	NC_015632	TACA	2	8	3101	3108	50 %	25 %	0 %	25 %	336120992
48	NC_015632	AGA	2	6	3125	3130	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336120992
49	NC_015632	AT	4	8	3145	3152	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
50	NC_015632	AT	3	6	3164	3169	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
51	NC_015632	CTA	2	6	3181	3186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336120992
52	NC_015632	A	7	7	3195	3201	100 %	0 %	0 %	0 %	336120992
53	NC_015632	AAT	2	6	3257	3262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
54	NC_015632	TAA	3	9	3296	3304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
55	NC_015632	AAT	2	6	3305	3310	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
56	NC_015632	TGA	2	6	3404	3409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120992
57	NC_015632	TAA	2	6	3410	3415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
58	NC_015632	TTA	2	6	3426	3431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120992
59	NC_015632	CTAA	2	8	3438	3445	50 %	25 %	0 %	25 %	336120992
60	NC_015632	TAAA	2	8	3448	3455	75 %	25 %	0 %	0 %	336120992
61	NC_015632	ATA	2	6	3460	3465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
62	NC_015632	ATTA	2	8	3510	3517	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
63	NC_015632	TTATA	2	10	3535	3544	40 %	60 %	0 %	0 %	336120992
64	NC_015632	CAA	2	6	3619	3624	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	336120992
65	NC_015632	ATG	2	6	3697	3702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120992
66	NC_015632	AT	3	6	3721	3726	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
67	NC_015632	A	7	7	3732	3738	100 %	0 %	0 %	0 %	336120992
68	NC_015632	AT	4	8	3773	3780	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
69	NC_015632	AT	3	6	3813	3818	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
70	NC_015632	GAT	2	6	3891	3896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120992
71	NC_015632	ACTA	2	8	3899	3906	50 %	25 %	0 %	25 %	336120992
72	NC_015632	TAA	2	6	3911	3916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
73	NC_015632	TAA	2	6	4000	4005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
74	NC_015632	GAA	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336120992
75	NC_015632	TGA	2	6	4112	4117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120992
76	NC_015632	ATA	2	6	4131	4136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
77	NC_015632	GAT	2	6	4202	4207	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120992
78	NC_015632	ATA	2	6	4215	4220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
79	NC_015632	AATA	2	8	4232	4239	75 %	25 %	0 %	0 %	336120992
80	NC_015632	ATA	2	6	4252	4257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120992
81	NC_015632	TGAA	2	8	4291	4298	50 %	25 %	25 %	0 %	336120992
82	NC_015632	AT	3	6	4306	4311	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
83	NC_015632	TA	3	6	4312	4317	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
84	NC_015632	AT	3	6	4335	4340	50 %	50 %	0 %	0 %	336120992
85	NC_015632	GAT	2	6	4347	4352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120992
86	NC_015632	A	7	7	4353	4359	100 %	0 %	0 %	0 %	336120992
87	NC_015632	AATA	2	8	4367	4374	75 %	25 %	0 %	0 %	336120992
88	NC_015632	TAAA	2	8	4405	4412	75 %	25 %	0 %	0 %	336120992
89	NC_015632	ACTA	2	8	4422	4429	50 %	25 %	0 %	25 %	336120992
90	NC_015632	CA	3	6	4442	4447	50 %	0 %	0 %	50 %	336120992
91	NC_015632	TTTA	2	8	4544	4551	25 %	75 %	0 %	0 %	336120992
92	NC_015632	ATT	2	6	4582	4587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120992
93	NC_015632	ATC	2	6	4605	4610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336120992
94	NC_015632	TG	3	6	4615	4620	0 %	50 %	50 %	0 %	336120992
95	NC_015632	AAGT	2	8	4693	4700	50 %	25 %	25 %	0 %	336120992
96	NC_015632	AGA	2	6	4748	4753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336120992
97	NC_015632	AAAT	2	8	4762	4769	75 %	25 %	0 %	0 %	336120992
98	NC_015632	A	6	6	4781	4786	100 %	0 %	0 %	0 %	336120992
99	NC_015632	TGG	2	6	4789	4794	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	336120992
100	NC_015632	A	6	6	4845	4850	100 %	0 %	0 %	0 %	336120992
101	NC_015632	AAC	2	6	4852	4857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	336120992
102	NC_015632	TGA	2	6	4882	4887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120992
103	NC_015632	GAA	3	9	4959	4967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336120992
104	NC_015632	GAT	2	6	5036	5041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120992
105	NC_015632	T	6	6	5163	5168	0 %	100 %	0 %	0 %	336120993
106	NC_015632	ATG	2	6	5185	5190	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120993
107	NC_015632	ATG	2	6	5251	5256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120993
108	NC_015632	A	6	6	5274	5279	100 %	0 %	0 %	0 %	336120993
109	NC_015632	ATTT	2	8	5313	5320	25 %	75 %	0 %	0 %	336120993
110	NC_015632	CAG	2	6	5329	5334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336120993
111	NC_015632	ATA	2	6	5335	5340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120993
112	NC_015632	TAT	2	6	5382	5387	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120993
113	NC_015632	A	7	7	5412	5418	100 %	0 %	0 %	0 %	336120993
114	NC_015632	A	6	6	5421	5426	100 %	0 %	0 %	0 %	336120993
115	NC_015632	A	7	7	5435	5441	100 %	0 %	0 %	0 %	336120993
116	NC_015632	TAT	2	6	5464	5469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120993
117	NC_015632	ATT	2	6	5570	5575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120993
118	NC_015632	ATT	2	6	5634	5639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120993
119	NC_015632	TAAAC	2	10	5678	5687	60 %	20 %	0 %	20 %	336120993
120	NC_015632	AAG	2	6	5688	5693	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336120993
121	NC_015632	TA	3	6	5751	5756	50 %	50 %	0 %	0 %	336120993
122	NC_015632	T	6	6	5769	5774	0 %	100 %	0 %	0 %	336120993
123	NC_015632	TGT	2	6	5816	5821	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	336120993
124	NC_015632	GATATT	2	12	5847	5858	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336120993
125	NC_015632	TGG	2	6	5876	5881	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	336120993
126	NC_015632	A	7	7	5894	5900	100 %	0 %	0 %	0 %	336120993
127	NC_015632	TAAA	2	8	5962	5969	75 %	25 %	0 %	0 %	336120993
128	NC_015632	AGA	2	6	5996	6001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336120993
129	NC_015632	GAT	2	6	6003	6008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120993
130	NC_015632	TGT	2	6	6062	6067	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	336120993
131	NC_015632	AGG	2	6	6118	6123	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	336120993
132	NC_015632	A	6	6	6137	6142	100 %	0 %	0 %	0 %	336120993
133	NC_015632	AT	3	6	6179	6184	50 %	50 %	0 %	0 %	336120993
134	NC_015632	A	6	6	6188	6193	100 %	0 %	0 %	0 %	336120993
135	NC_015632	ATTT	2	8	6208	6215	25 %	75 %	0 %	0 %	336120993
136	NC_015632	TGA	2	6	6251	6256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336120993
137	NC_015632	A	7	7	6287	6293	100 %	0 %	0 %	0 %	336120993
138	NC_015632	CTT	2	6	6350	6355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336120993
139	NC_015632	TAA	2	6	6401	6406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336120993
140	NC_015632	TTA	2	6	6430	6435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336120993
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.